Výzkum středověké a renesanční hudební kultury má na Ústavu hudební vědy dlouhou tradici, která sahá až do dob ustavení muzikologie jako univerzitního oboru. Ve světle tohoto konstatování jistě překvapí zjištění, že teprve doba po roce 1989 umožňuje nepředpojatý výzkum duchovní i světské hudby na základě pečlivého posuzování přímých pramenů. Oproštěni od nutnosti vykládat duchovní hudbu jako předstupeň kvalitativně vyšší hudby lidové nebo nadhodnocovat národní odlišnosti se nyní můžeme soustředit na objevování tradic, jež utvářely hudební obraz střední Evropy.

V semináři středověkého jednohlasu probíhá pod vedením Davida Ebena výzkum české chorální tradice na základě studia liturgických kodexů. Studenti i vyučující se významně podílejí na budování mezinárodních databází liturgického repertoáru, zejména Cantus Database a Fontes Cantus Bohemiae. Výpočetní technika sice umožňuje nebývale efektivní komparaci hudebních pramenů a paralelních záznamů, nicméně těžištěm vědeckého přístupu zůstává spolehlivá orientace v kodikologii a paleografii a znalost liturgických souvislostí.

Hudební kulturu renesance a rudolfinské Prahy zkoumá Jan Baťa. Otázky z tohoto tematického okruhu dostávají svůj prostor v semináři 16. století. V poslední době se pozornost všech zdejších muzikologů zaměřených na hudbu před rokem 1600 opět obrací k hymnologii. Výzkum tradic a kontextů duchovní písně 14. a 15. století probíhá v rámci projektu Staré mýty, nová fakta: české země v centru hudebního dění 15. století. Jan Ciglbauer založil databázi písňového repertoáru 14. a 15. století Cantio.cz.