Studium hudby novější doby (cca 1600–1950) patří k základům evropské muzikologie včetně té české. Objektem zájmu není pouze vlastní hudební tvorba, ale i její teoretická reflexe, její historické, kulturní, společenské kontexty. Základní přístupy tvoří tradiční i nové přístupy historiografické a hudebně-analytické, obohacované o pohledy filosofie, estetiky, ale i hudební praxe. Vlastní vědecká práce studentů ÚHV se odehrává především v rámci historicky zaměřených seminářů, které, i přes značnou šíři volených témat a přístupů, charakterizuje důraz na původní pramenný výzkum a bohemikální souvislosti.

Seminář hudby 17. a 18. století, jež vede Marc Niubo, se věnuje zejména dvěma hlavním okruhům, a sice duchovní hudbě doby vrcholného baroka a italské opeře v Praze v 18. století, v menší míře jsou zpracovávána i další související témata včetně hudby instrumentální. Hudební kulturu 19. století zkoumá a dějinám hudební kritiky a estetiky se věnuje Markéta Štědronská.