Ústav hudební vědy je významným centrem české muzikologie s nejdelší tradicí v zemi. Zajišťuje studium oboru hudební věda ve všech jeho stupních, bakalářském, magisterském i doktorském. Umožňuje také získání docentské a profesorské habilitace v oboru hudební věda. Ve výuce se snaží o co nejtěsnější propojení výuky s vědou, ale nezanedbábá ani návaznost na praktické uplatnění absolventů. Působí zde řada renomovaných odborníků, kteří jsou v oblastech svého bádání respektováni doma i zahraničí. Vedle tradičních důrazů na výzkum české hudby středověku, renesance a 19. století, který se zde nadále realizuje, se pozornosti dostává i dalším historickým obdobím a tématům, jako je například hudba 17. a 18. století a hudební divadlo, a tématům etnomuzikologickým a kulturně-analytickým. Ve výsledku tedy studium na Ústavu hudební vědy pokrývá prakticky celou historii evropské umělecké tradice a nabízí vhled do problematiky bádání o mimoevropských hudebních tradicích a současné hudební kultuře, a to z nejrůznějších teoretických a metodologických perspektiv.